用戶按時還款了，但仍舊有逾期記錄上征信，主要是有以下原因導致的：用戶使用的是代還服務，用戶將錢轉給中介，但是中介沒有按時將錢轉到還款賬戶里;用戶跨行轉賬進行還款，由于銀行清算時間不同，可能會導致資金延遲達到還款賬戶。

因此，這種情況導致逾期記錄上征信，用戶可以在逾期記錄下進行個人說明，或者讓貸款機構開具非惡意逾期的證明。