1、性質不同。農村信用社小額信貸應該是一項商業(yè)性業(yè)務，一項金融活動，需要靠制度性的商業(yè)化運作才能持續(xù)下去；扶貧式小額信貸往往和政治相聯系，是政治派別的表態(tài)，通常表現為社會活動性質和教科文衛(wèi)體、精神文明建設等社會發(fā)展方面的活動內容相關聯，其持續(xù)性是非金融的。

2、信貸資金來源不同。農村信用社信貸資金的來源主要是靠吸收存款，付出了較高的成本費用，所以需要通過提供各種服務來彌補成本并獲取收益，已達到自我生存和自我發(fā)展的目的，才能形成資金的良性循環(huán)；扶貧式小額信貸的資金來源是無成本或低成本的國際機構捐助或政府資助，由于其扶貧性質，靠自我服務方式難以達到經營持續(xù)性，因而政府貼補往往少不了。

3、信貸資金用途不同。農村信用社小額信貸資金主要運用于“三農”，所涉范圍較寬，并不特別針對某些群體，信貸資金可做生產性用途，也可做消費性用途，更符合金融機構提供各種服務的特點；扶貧式小額信貸的信貸資金則主要運用與貧困或特困戶，而且主要是滿足生產性需要，而不是消費方面，他的目的是扶助貧困戶自我發(fā)展。

4、經營機構不同。農村信用社小額信貸由正規(guī)的金融機構農村信用社經營，嚴格按照金融機構的業(yè)務運作方式來進行；扶貧式小額信貸由政府專門委托或設立機構經營，書費正規(guī)金融機構，既不是去的金融業(yè)務經營許可證的正規(guī)金融機構，他難以實現金融持續(xù)性，需要得到政府補貼。